Los estudiantes regresan cuando la escuela vuelve a estar en sesión para el segundo semestre. Después de sus hazañas en la isla durante las vacaciones de verano, la clase 3-E continúa afilando sus cuchillas con la vista puesta en su maestro, el escurridizo Koro-sensei. Sin embargo, tienen más cosas de las que preocuparse que de su maestro, ya que los asesinos enemigos, tanto viejos como nuevos, buscan una mayor recompensa por la cabeza del pulpo.
Además, sus rivales de la Clase A, así como el temible director de la Escuela Secundaria Kunugigaoka, impedirán que la Clase E alcance la excelencia académica. Con todos estos obstáculos en su contra, el grupo debe continuar trabajando juntos para superar a sus enemigos y lograr su objetivo de asesinar con éxito a su maestro.
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