Décadas hacia el futuro, la humanidad está bajo el asedio de una raza alienígena conocida como las Novas. Estos seres inhumanos dejan la devastación a su paso cada vez que aparecen, con los esfuerzos para evitar que se conozcan como Nova Clashes.
A las mujeres jóvenes conocidas como "Pandoras" y a los hombres jóvenes conocidos como "Limitadores" se les implantan estigmas para otorgarles poderes sobrehumanos y se las entrena en academias militares, donde deben aprender a trabajar juntas para que la humanidad tenga la oportunidad de sobrevivir.
Congelación cuenta la historia de Kazuya Aoi cuando se dirige a su primer día en la academia militar de West Genetics, justo cuando Pandora emprende una batalla real. Es aquí donde confunde a Satellizer el Bridget, una poderosa Pandora conocida como la "Reina Intocable", como su hermana fallecida y la abraza. Aunque le cuesta el partido, ella descubre que su toque no la aleja y decide tomarlo como su Limitador.
La única pregunta es si su asociación puede o no sobrevivir a las maquinaciones de sus alumnos de clase superior y la inminente batalla con los Novas ...
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