Esta serie se establece aproximadamente dos meses después de los eventos ocurridos en el Tuatha de Danaan al final de la serie original. Mithril se da cuenta de una organización secreta que tiene tecnología capaz de contrarrestar el modo ECS (Electronic Cloaking System).
Esta organización, conocida como Amalgam, también tiene "Black Technology", obtenida de "Whispered" como Kaname Chidori, y al igual que las otras agencias de inteligencia, intentan obtener más; sin embargo, cuando la misión de Sousuke de proteger a Chidori es finalizada por Mithril, todo parece estar en su lugar para los planes de Amalgam ...
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