Persiguiendo a un alquimista fugitivo con extraños poderes, los hermanos Edward y Alphonse Elric tropiezan con el escuálido valle de los Milos. Los Milosianos son un grupo oprimido que busca reclamar su tierra sagrada de Creta: un país militarista que anexó su nación por la fuerza. En el ojo de la tormenta política hay una chica llamada Julia Crichton, que desea enfáticamente que los Milos recuperen su fuerza y vuelvan a ser una nación de paz. Haciéndose amigos de la chica, Edward y Alphonse se encuentran en medio de una creciente resistencia que implica el uso del mismo objeto que han estado buscando todo el tiempo: la Piedra Filosofal.
Sin embargo, sus experiencias pasadas con la piedra les causan reservas, y los hermanos no están dispuestos a ayudar. Pero a medida que descubren los secretos que hay detrás de las intenciones y la historia cuestionable de Creta, los hermanos se ven arrastrados a la batalla entre el rebelde Milos, que desea su libertad, y el ejército cretense, que busca el poder absoluto.
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