En un futuro no muy lejano, la humanidad ha avanzado a un estado en el que es posible realizar trasplantes de cuerpo completo de la carne a la máquina.
Esto permite grandes aumentos tanto en la destreza física como en la cibernética y en el desenfoque de las líneas entre los dos mundos. Sin embargo, los delincuentes también pueden hacer uso completo de dicha tecnología, lo que lleva a delitos nuevos y, a veces, muy peligrosos.
En respuesta a estos nuevos métodos innovadores, el gobierno japonés ha establecido la Sección 9, una unidad de policía que opera de manera independiente y que se ocupa de delitos tan delicados.
Dirigida por Daisuke Aramaki y Motoko Kusanagi, la Sección 9 trata estos delitos en todo el espectro social, generalmente con éxito. Sin embargo, cuando se enfrenta a un nuevo pirata informático de nivel A llamado "The Laughing Man", el equipo se ve envuelto en un peligroso juego del gato y el ratón, siguiendo el rastro del hacker cuando deja su huella en Japón.
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