Un solitario de instituto recibe el trabajo a tiempo parcial de su vida como ninja moderno encargado de realizar asesinatos internacionales. Tras la Segunda Guerra Mundial, el Mando Aliado en Japón creó una nueva agencia para ayudar a gestionar el terrorismo y la violencia en la región del Pacífico. La agencia estaba formada por ninjas y, en un principio, se les encomendó la gestión de asuntos internos.
Con el tiempo, el programa adquirió su forma actual, con 20.000 ninjas que se ocupan de asuntos nacionales e internacionales. Uno de esos ninjas es Kudo. Este perdedor de instituto de diecisiete años se ha convertido en la siguiente línea de defensa contra un posible aumento de asesinos extranjeros que invadan Tokio.
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